迄今为止宁波期货配资公司,已有11种POLE致病性变异被认定为“热点”突变。以POLE热点突变(POLEmut)为特征的子宫内膜癌(EC)患者具有极佳的生存预后。尽管国际指南建议对早期POLEmut型EC患者减少辅助治疗的强度,但关于具有不良特征的POLEmut患者接受这种治疗的安全性数据仍在研究之中。另一方面,全面基因组分析项目的普及突显了对那些不被视为热点的POLE变异进行解读的必要性。本研究对596名接受测序的EC患者进行了全面分析。将POLEmut型EC的基因组特征与那些在核酸外切酶结构域内携带非热点POLE突变的病例进行了比较。此外,还研究了多重分类(MC)的基因组特征,以及那些表现出不良组织病理学和临床特征的病例的基因组特征。 在POLEmut EC患者中,当比较MC与非MC或具有不利临床特征的患者时,没有观察到显著的基因组差异。然而,在这两种比较中,肿瘤突变负荷均存在差异,而C>G突变的比例仅在基于临床特征的比较中存在差异。特定的POLE突变,即使不被视为热点突变,也具有与POLEmut相似的基因组特征。 本研究结果证实,无论MC状态如何,或是否与高风险临床特征相关,POLEmut患者之间均不存在显著的基因组差异。预后数据对于阐明未被归类为热点的POLE突变(位于核酸外切酶结构域内)的临床意义至关重要,这些突变表现出与POLEmut患者相似的基因组特征。 展开剩余93%研究背景 国际指南越来越多地将分子风险评估纳入EC患者的管理中,目的是制定更个性化的治疗策略。在现有的四个分子亚组中,不到10%的EC患者在POLE的核酸外切酶结构域(EDM)内存在致病性变异。POLE致病性变异具有独特的特征,包括C>A替换显著增加,这种替换占变异的20%以上,小的插入和缺失变异(indels)的频率相对较低,以及肿瘤突变负荷(TMB)极高(>100 Mut/Mb)。到目前为止,已有11种POLE致病性变异被认定为“热点”突变。其中5种在《癌症基因组图谱》(TCGA)的一篇文章中被重点指出,是最常出现的与超突变表型相关的变异(P286R、V411L、S297F、A456P和S459F),而其余6种是通过León‐Castillo等人开发的实用评分系统确定的。该系统评估了TMB、特定的核苷酸变化(C>A、T>G和C>G)、indel比例,以及应用于全外显子组测序的六种计算机模拟工具的分析结果。 患有EC且存在一种POLE热点突变的患者,尽管具有诸如高分级、子宫肌层深层浸润和/或淋巴血管浸润等不利的组织形态学特征,但仍表现出极为良好的生存结局(5年生存率超过98%)。基于这些原因,POLE状态如今已被纳入最新的国际妇产科联合会(FIGO)子宫内膜癌分期中,并且对于FIGO I-II期的POLE突变(POLEmut)患者,不建议进行辅助治疗。然而,这种新的综合风险分类模型正引发一些担忧。与POLEmut型EC相关的良好预后是基于回顾性队列研究以及对临床试验的二次分析得出的。根据当时适用的指南,这些患者中的大多数都接受了辅助治疗,但仍有一些患者出现复发,甚至死于该疾病。转诊中心和学术中心一直在将全面的癌症基因组分析作为肿瘤患者的一项首要检测手段,而这面临着数据解读的复杂性以及意外发现等问题。特别是,解读EDM内未被认定为热点的体细胞POLE突变,以及具有非典型分子特征(如低TMB或不利的病理特征)的POLE热点突变,可能尤其具有挑战性。 为了更清晰地描绘出存在POLE突变(包括热点突变和非热点突变)病例的综合特征,研究者在此展示了来自一家大型转诊中心的一系列未经筛选、前瞻性进行临床测序的子宫内膜癌患者的基因组学、病理学和临床特征。子宫内膜癌患者被分类如下:(1)POLEmut型,在11个致病变异列表中存在一个POLE突变;(2)错配修复缺陷型(MMRd);(3)p53 异常型(p53abn);(4)非特异性分子谱型(NSMP),特征是不存在上述分子亚型的定义性特征。此外,就 POLE 状态而言,为了本次分析的目的,设立了两个亚组:A 组:如León‐Castillo等人所述的被归类为热点的POLE变异,对应于POLEmut型患者;B 组:EDM内的 POLE 非热点变异,这些变异不会导致患者成为POLEmut型患者。A 组中同时伴有免疫染色时p53异常和/或MMR蛋白缺失的患者被定义为多重分类(MC)患者。进行主成分分析(PCA)以便根据 TCGA 特征直观地检查各组情况。简而言之,前两个主成分解释了 75% 的方差;C>A 和 TMB 在主成分 1(PC1)中载荷较高,而 C>G 和indels在主成分 2(PC2)中载荷较高。 研究结果 在2022年3月1日至2023年12月31日期间纳入机构综合癌症基因组分析项目(FPG500)的3125名患者中,有695例为子宫内膜癌病例。所有病例在完成包括前哨淋巴结定位的手术分期后,均对原发性肿瘤标本进行了测序。在这些患者中,596例子宫内膜癌患者拥有完整的临床、免疫组化和基因组数据,因此被纳入本研究。其中10%为POLEmut型,34%为MMRd型,13%为p53异常型,42%为NSMP型。总体人群中的大多数(62.4%)为低级别子宫内膜样组织学亚型,且疾病局限于子宫。中位随访时间为19.6个月(95%CI,18.8 - 20.8个月),596例患者中有31例(5.2%)在治疗期间出现复发或病情进展,596例患者中有14例(2.3%)死于该疾病(A组患者疾病相关死亡率和癌症特异性死亡率均为0%)。 A组分析: 该组患者的临床特征见表1。中位年龄为57岁。大多数患者为1级或2级(44.3%)或3级(32.8%)子宫内膜样组织学类型,其次是混合型、透明细胞型和浆液型。23%的病例存在广泛性淋巴血管间隙浸润(LVSI)。根据2009年和2023年FIGO分期标准,有4例患者处于晚期。10例患者的雌激素受体(ER)和孕激素受体(PR)均为阴性。 表1 A组所有患者均表现为错义突变,其中最常见的是P286R(36例患者,占比59.01%)和V411L(12例患者,占比19.67%)(图1A)。有两名患者除了存在POLE热点突变外,在EDM内还同时存在另一种POLE突变。与POLE最常发生共突变的基因是PTEN(93%)、PIK3CA(80%)、ARID1A(66%)、NF1(62%)和RASA1(59%)。中位TMB为150.8 Mut/Mb(图1B)。 图1 此外,研究者还研究了与突变表型相关的其他TCGA特征,例如C>A、T>G和C>G核苷酸替换的百分比以及indels的百分比。indels的中位值为1.78%,C>A为44.44%,C>G为2.85%,T>G为3.70%(图1C、D)。然后,研究者将这些TCGA特征与其他分子亚组进行了比较。正如预期的那样,A组的TMB高于其他组(p < 0.001)。此外,事后检验显示,与其他组相比,A组的C>A(p < 0.001)和T>G(p < 0.001)值最高,而indels(p < 0.001)和C>G(p < 0.001)的值显著更低。 正如预期的那样,除了2例患者外,所有病例都显示出癌症体细胞突变目录(COSMIC)突变特征10的作用(图1E)。这2例患者都具有不良的临床和组织病理学特征,并且属于MC患者。第一例患者(POLE突变V411L)患有一种混合型子宫内膜癌,由80%的浆液性成分和20%的3级子宫内膜样成分组成,且存在广泛性LVSI。她的indels为17.77%,C>A为25.00%,C>G为0.00%,T>G为0.00%。第二例患者(POLE突变D368Y)患有3级子宫内膜样子宫内膜癌,其indels为60.00%,C>A为30.00%,C>G为0.00%,T>G为0.00%。由于手术分期不完整,这两名患者都接受了辅助放疗,根据最后一次随访(分别为3.3个月和0.8个月),她们目前还活着且无病生存。 在对整个队列进行的PCA中,A组沿着PC1形成了一个聚类,而MMRd患者则沿着PC2与p53异常型和NSMP型患者区分开来。 然后,研究者分析了31例具有不良临床和组织病理学特征(如明显的LVSI、ER/PR状态阴性、非子宫内膜样组织学类型以及晚期)的POLEmut病例。在有不良特征和无不良特征的患者之间,在TMB(分别为210.70和83.20;p = 0.00303)和C>G突变(分别为2.22和3.73;p = 0.03936)方面观察到了显著差异。在PCA中未检测到聚类现象(图2)。 图2 MC患者分析: A组中有16名患者(占26.2%)被确定为MC患者;具体而言,9名是POLEmut-MMRd患者,3名是POLEmut-MMRd-p53abn患者,4名是POLEmut-p53abn患者。临床特征见表2。该组中TCGA特征的中位值为:TMB为218.15 Mut/Mb,indels为4.45%,C>A为47.88%,C>G为2.44%,T>G为0.88%。与A组中纳入的非MC患者相比,除了TMB(MC病例为218.15,其他患者为123.1;p = 0.00170)外,未发现显著差异。在PCA中,MC病例与A组中的非MC病例聚为一类。 表2 有2名患者未表现出突变特征10。患者MC7(POLE突变D368Y且MMRd)患有3级子宫内膜样EC,其indels为60.00%,C>A为30.00%,C>G为0.00%,T>G为0.00%。她表现出与DNA MMR缺陷和MSI相关的COSMIC突变特征14和15。 患者MC9(POLE突变V411L且MMRd)患有混合型EC,由80%的浆液性成分和20%的3级子宫内膜样成分组成,且存在广泛性LVSI。她的indels为17.77%,C>A为25.00%,C>G为0.00%,T>G为0.00%。检测到了与DNA MMR缺陷和MSI相关的COSMIC突变特征,其中SBS6起主要作用。从临床角度来看,她接受了基因检测,结果排除了MMR基因存在缺陷的情况。 PCA与所发现的突变特征相符,因为这2名患者在分析中都表现为离群点。发现患者MC7更接近MMRd聚类,这表明在PC1中它们具有最多的共同特征;患者MC9在POLE突变聚类中对PC2的贡献最大。由于手术分期不完整,这2名患者都接受了辅助放疗;不过,其预后良好,根据最后一次随访(分别为3.3个月和22个月),这2名患者目前还活着且无病生存。 B组分析: 8名患者在POLE的EDM内出现了非热点突变:其中2名为p53异常型(P1和P2),5名为MMRd型(P3-P7),1名为NSMP型(P8)(表3)。这些患者的年龄显著大于A组患者(64岁 vs 57岁;p = 0.029)。与A组人群相似,62.5%的病例为子宫内膜样类型,并且所有病例根据2009年和2023年FIGO分期均处于早期阶段。 表3 该组的分子特征如图3所示。8名患者中有7名存在POLE错义突变,而1名患者(P8)存在无义突变(图3A、B)。B组中最常发生共变异的基因是TP53(88%)、PTEN(75%)和ATM(62%)(图3B、C)。这些变异与在A组中观察到的变异相似。 图3 在该组中发现了以下TCGA特征的中位数值:TMB为231.85 Mut/Mb,indels为14.07%,C>A为9.09%,C>G为0.00%,T>G为0.00%(图3D、E)。与A组人群相比,在C>A(p < 0.001)和indels(p = 0.02)方面发现了显著差异,但在TMB(p = 0.81)、C>G(p = 0.65)和T>G(p = 0.38)方面则没有差异。 在B组亚组中,P1、P3以及P5-P7是TMB最高的患者(中位值为302.40 Mut/Mb)。除了P3之外,根据不同的计算机模拟工具评估,所有患者都携带一种被认为具有破坏性的POLE突变。 当将整个MMRd组的TCGA特征与B组中的MMRd患者亚组(P3-P7)进行比较时,在indels(p = 0.01)、T>G(p < 0.001)和TMB(p < 0.001)方面观察到了具有统计学意义的差异(图4A、B)。相反,就TCGA特征而言,与更广泛的p53异常型组相比,B组中的P1和P2(p53abn)没有表现出任何具有统计学意义的差异。在PCA中,P1、P3、P5和P7在PC1上的数值大于2,与A组相似(图4C-E)。 图4 通过COSMIC分析可知,没有一例病例具有通常与POLE功能缺陷相关的突变特征10a或10b(图3F)。然而,在患者P5和P7中,注意到了突变特征10c的存在。最近有研究表明,这种突变特征与胚系POLD突变相关。与这一发现一致的是,发现患者P7在POLD1基因中存在四种不同的体细胞突变。 额外的POLE突变: 除了EDM内的POLE突变外,所有B组病例都显示出额外的POLE突变,对于这些突变的致病性存在不同的解释。研究者研究了额外的POLE突变数量是否与TMB值相关。本研究的分析显示,携带超过两个POLE突变的患者与仅携带一个突变的患者相比,其TMB显著更高(p = 0.0043)。然而,在具有三个或更多意义未明(VUSs)的POLE变异的患者中,并没有始终观察到TMB的这种增加(p = 0.043)。在A组人群中也注意到了类似的趋势,即具有两个或更多POLE突变的患者与具有单个突变的患者之间,在TMB方面存在显著差异(p < 0.001)。 讨 论 对前瞻性临床测序的EC患者的综合分析显示,只有TMB值和C>G百分比在有不良临床特征的A组患者和无不良临床特征的A组患者之间有显著差异。同样,在A组中,除了TMB值外,MC和非MC患者之间没有观察到基因组差异。特定的POLE突变(即使不被认为是热点)也显示出与A组相似的基因组特征。其中,P1、P3、P5和P7与A组的基因组相似性高于B组,而这几例患者属于B组。 此外,POLE VUSs的数量会增加TMB值。在TCGA研究网络发表的综合基因组特征分析中,所有17例表现出超突变表型的子宫内膜癌患者在POLE的EDM中都存在突变,其中热点突变P286R和V411L的发生率很高(76%)。León‐Castillo等人在2020年扩充了POLE热点变异的列表。该列表之外的变异与POLE热点突变相比,具有不同的预后表现(HR,3.4;95%CI,1.5-7.6;对数秩检验p < 0.01),但这一点尚未完全阐明。本研究对大量子宫内膜癌病例中致病性和非致病性的POLE突变进行了全面概述,突出了它们共有的临床和分子特征。尽管本研究并未改变目前将子宫内膜癌患者归类为POLE突变型的标准,但它研究了基因组和临床特征,随着随访数据的不断积累,这些特征可能会在未来导致重新分类。这一点尤为重要,因为最近在实体瘤中的证据表明,即使是在EDM之外存在致病性POLE突变的患者,也可能从免疫检查点抑制剂治疗中获益。最近,对RUBY试验的一项亚组分析表明,在MMR正常/p53异常的肿瘤中,在标准化疗基础上加用dostarlimab具有优势,可使疾病进展或死亡风险降低37%(HR,0.63;95%CI,0.44-0.91)。这与GARNET试验的一项亚组分析结果形成了对比,在GARNET试验的亚组分析中,p53亚组与MMRd患者相比,无进展生存期和缓解持续时间更短,不过具有高TMB的患者除外。这一情况与患者P1类似,P1携带POLE P436S突变,并且在EDM之外还存在其他8个意义未明的POLE突变。这种POLE突变在结直肠癌中已有报道,被认为与已知的POLE热点突变相似。与此一致的是,P1的TMB为650.7 Mut/Mb。可以认为,高TMB可能是由MSI-H引起的(不稳定位点占比27.1%)。实际上,在MMRd患者中,可能会出现额外的(继发性的)POLE突变,包括热点突变。关于MMRd病例中的POLE突变是作为首先发生的超突变的主要驱动因素,还是由于预先存在的高突变负荷而作为继发性事件出现,存在相互矛盾的证据。对于患者P1来说,超突变表型(TMB,>100 Mut/Mb)、计算机模拟工具预测结果以及TCGA特征都更符合POLE热点突变的情况,而不是p53异常型病例。此外,该患者的血液基因检测排除了林奇综合征的可能。 患者P5存在POLE T278K突变,此前该突变在子宫内膜癌和结直肠癌中均与超突变特征以及MSI-H状态相关。这种POLE突变还被证实会导致MMR基因发生继发性突变。 本研究结果与先前的证据一致,先前的证据表明,在具有POLE热点突变以及其他非热点POLE突变的不同类型肿瘤中,TMB显著更高(p < 0.001)。此外,已有研究表明,在POL家族基因中存在多个VUSs的患者总生存期会延长。 必须承认的是,基因组特征的中位数值是根据仅针对肿瘤的多基因检测的结果计算得出的,这可能与通过全基因组测序(如TCGA中所使用的方法)获得的数据有所不同。此外,POLE突变型病例的比例(10.2%)略高于文献中预期和报道的比例(7%-10%)。这可能是常规采用CGP而非靶向检测方法或Sanger测序法的间接结果,并且与近期关于POLE突变型患者比例的数据一致。 本研究的主要局限性包括POLE突变的发生率较低,这限制了分析的进行;以及随访时间有限,这使得研究者无法就B组中具有与A组相似基因组特征的POLE突变的真正预后意义得出明确结论。最后,由于缺乏外部队列来验证本研究结果,因此无法将研究结果推广应用。 尽管随着更多经过充分随访的数据逐渐完善,目前的研究结果应被视为提出了一种假设,这表明对A组和B组病例进行更全面的分析可能有助于在未来揭示潜在的、出乎意料的预后情况。 参考文献: Nero C, Trozzi R, Persiani F宁波期货配资公司, Rossi S, Mastrantoni L, Duranti S, Camarda F, Marino I, Giacò L, Pasciuto T, De Bonis M, Rinelli M, Perrone E, Giacomini F, Lorusso D, Piermattei A, Zannoni G, Fanfani F, Scambia G, Minucci A. POLE mutations in endometrial carcinoma: Clinical and genomic landscape from a large prospective single-center cohort. Cancer. 2025 Feb 1;131(3):e35731. doi: 10.1002/cncr.35731. PMID: 39865420; PMCID: PMC11771542. 发布于:江苏省 |
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宁波期货配资公司 子宫内膜癌非热点POLE突变该如何解读?基因组特征与热点POLE突变相似,潜在揭示预后
发布日期:2025-03-08 22:43 点击次数:167